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· 截頭多肽文庫(Truncation peptide libraries)

      截頭多肽文庫被用來確認(rèn)多肽序列中起到活性作用的最短氨基酸序列，截頭多肽文庫的建立方法一般是系統(tǒng)性地去除原多肽序列兩側(cè)氨基酸而得到的。假如已知某些起重要作用的氨基酸，那么應(yīng)該保留這些氨基酸序列然后從肽的另外一端開始逐個去除氨基酸開始篩選。

· 隨機(jī)多肽文庫(Random Peptide Library)

      隨機(jī)多肽文庫的設(shè)計是以20種天然氨基酸通過鳥槍式法(shotgun approach)同時地、隨機(jī)地取代被選擇的氨基酸殘基。

· 單位點(diǎn)掃描多肽文庫(Positional Scanning Library)

      單位點(diǎn)掃描多肽文庫是對多肽序列進(jìn)行優(yōu)化的一個重要工具，對多肽某個選定的區(qū)域或位點(diǎn)被系統(tǒng)地用其他氨基酸替換，通過多肽活性測定以確定這個位點(diǎn)最優(yōu)的氨基酸。這類肽庫有助于研究人員發(fā)現(xiàn)在某個特定位置上具有特殊影響或活性的特定區(qū)域。

· Ala掃描多肽文庫(Alanine Scanning Library)

      Ala掃描多肽文庫是鑒別序列中特定氨基酸對多肽功效影響的一種途徑，我們使用Ala依次替換序列中的氨基酸；通過Ala掃描多肽文庫以辨出某一特定氨基酸對整個蛋白結(jié)構(gòu)、功能和其他生物活性的影響。

· Scrambled Library

      Scrambled Library的設(shè)計是基于對原有多肽氨基酸序列進(jìn)行內(nèi)部置換來實(shí)現(xiàn)的。它是突變程度最高的多肽文庫，被打亂的多肽通常被用于作為陰性對照證實(shí)某一特定序列是蛋白功能或活性的關(guān)健。它也是一個用來發(fā)現(xiàn)新目標(biāo)的隨機(jī)篩選工具。

· 首尾相搭多肽文庫(Overlapping Library)

      首尾相搭多肽文庫是用于篩選線性或連續(xù)性表位的一種常用手段。這種肽庫的設(shè)計主要由肽長(peptide length)和步移(offset number)兩個參數(shù)決定。蛋白從N端開始，逐步向C端截取設(shè)計后，最后很有可能會剩下一條孤肽(Orphan peptide)，我們建議將N端轉(zhuǎn)移一個或者幾個氨基酸過來，以保持一致長度。